待ちに待った2.5ということで、早速アップグレード。
特に問題なく移行終了……ってあれ、なんでカテゴリーアーカイブが表示されないんだ(汗)
デフォルトテーマに変更しても表示されないし……ここは最優先で確認が必要か。
とりあえず、原因が分かるまではカテゴリーメニューをサイドバーから撤去。
あと、管理画面が大幅に変わっているので、慣れるまで少し時間がかかりそうだなー。

追記：カテゴリーアーカイブの表示、パーマリンク設定→カテゴリーベースのリンクを指定で問題解決ー。
パーマリンクをカスタマイズ設定している場合は指定が必要になったのかな？
ともあれちゃんと動作するようになったのでサイドバーにもメニューを復活させておく。

以下、次回バージョンアップ時に本体ファイルのどこを変更していたのか忘れないための自分用メモ書き。

・wp-include/bookmark-template.php (line 157)
・wp-include/widgets.php (line 469)
・wp-admin/js/post.js (line 76)
・wp-admin/js/page.js (line 15)